像素是顯微圖像分析系統(tǒng)的zui小測量單位，通過它我們不僅能夠得到待測范圍內(nèi)的幾何形態(tài)信息，如面積、周長和直徑等等，還可根據(jù)樣品是否能夠吸光或發(fā)光來測量其物質(zhì)的總含量。在組織化學和免疫組織化學中常用熒光素來標記物質(zhì)，使被測量物質(zhì)產(chǎn)生有色熒光，從而進行分析。此外，在原位雜交技術(shù)中，采用放射自顯影的標本也可以作為發(fā)光組織細胞樣品使用顯微圖像分析系統(tǒng)進行分析。

（一）眼光組織細胞樣品的測量
對于吸光組織細胞樣品，圖像分析系統(tǒng)至少能以下列三種參數(shù)來表述細胞待測物質(zhì)的計量結(jié)果：
1．積分光密度（integrated optical density，IOD），又稱積分吸光度，是被測量范圍內(nèi)各像素吸光度的總和，表述測量范圍內(nèi)各像素吸光物質(zhì)的總含量，測量范圍可為面積或體積。
2．平均光密度（average optical density，AOD），又稱平均吸光度，是被測量范圍內(nèi)各像素吸光度的算術(shù)平均值，表述被測量范圍內(nèi)各像素吸光物質(zhì)含量的平均水平，可反映此范圍的染色深淺程度。
3．平均光密度方差 反映被測量范圍內(nèi)務像素染色深淺差異的指標，稱為平均光密度方差（variance of average optical density），是表述被測量范圍內(nèi)各像素間吸光度的離散程度。

（二）發(fā)光組織細胞樣品的測量
對于發(fā)光的組織細胞樣品，圖像分析系統(tǒng)也能以下列三種參數(shù)來表述細胞待測物質(zhì)的計量結(jié)果：
1．積分光強度（integrated light intensity） 是被測量范圍內(nèi)務像素光強度的總和．表述測量范圍內(nèi)各像素發(fā)光物質(zhì)的總含量，測量范圍也可為面積或體積。
2．平均光強度（average light intensity） 是被測量范圍內(nèi)各像素光強度的算術(shù)平均值，表述被測量范圍內(nèi)各像素發(fā)光物質(zhì)含量的平均水平，可直觀地反映此范圍的亮度。
3．平均光強度方差 反映被測量范圍內(nèi)務像素間亮度強弱差異的指標，稱為平均光強度方差（variance of average light intensity），表述被測量范圍內(nèi)各像素間光強度的離散程度。